Pour fonctionner, Logfly doit avoir un dossier de travail et savoir où se trouve le carnet de vol en service. Le(s) carnet(s) peuvent être dans un dossier différent voire un dossier Cloud (Dropbox, GDrive, etc..). Ces informations sont stockées dans un fichier de configuration. Par défaut à l'installation, Logfly créé un sous dossier Logfly dans le dossier Mes Documents [Windows] ou Documents [Mac]. Un carnet de vol nommé logfly.db est créé dans ce même dossier. Le dossier de travail et le dossier du carnet sont par défaut identiques.
Le chemin du dossier de travail sur le disque est signalé dans la rubrique "Modifier l'emplacement du dossier de travail".
Le nom du carnet de vol en service est signalé dans la rubrique Carnet en service. Il apparait dans une liste déroulante.
La ligne suivante indique le nom du carnet en service, le nombre de carnets présents dans le dossier et le chemin du dossier contenant ce ou ces carnets.
Tout changement de dossier, renommage des dossiers voire changement de disque peut entrainer des messages d'erreurs nécessitant une intervention. En cas de problèmes au démarrage Logfly peut envoyer deux messages d'erreur :
